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中國晶體學會前身為國際晶體學聯合會中國委員會，1978年以該名義加入國際晶體學聯合會（International Union of Crystallography，IUCr）。1984年唐有祺院士當選為該會第十三屆執行委員，1987年又當選為該會第十四屆副主席。1999～2005年中國科協書記張澤院士任執行委員會委員。1993年在北京成功舉辦了國際晶體學聯合會第十六屆學術大會與會員代表大會，加強了國際晶體學界對我國晶體學領域的了解，擴大了國際影響。1993年3月30日經國家科委批準成立中國晶體學會，4月9日經中國科學技術協會致民政部準予登記，8月19日經民政部批準登記、注冊，學會成立。首屆理事長為唐有祺。會址設在北京大學。學會目前為第六屆理事會。歷屆理事長為：唐有祺、閔乃本、饒子和、林建華、高松。

中國晶體學會現有個人會員1890人、單位會員46個，下設小分子、生物大分子、粉末衍射、晶體生長與材料表征、電子顯微學、藥物晶體學，極端條件晶體材料等7個專業委員會和晶體學教育與普及工作委員會。已加入2個國際組織：國際晶體學聯合會、亞洲晶體學協會。